Michal Rataj vystudoval hudební vědu na FF UK (1999) a skladbu na hudební fakultě AMU (2003) v Praze u Ivana Kurze a Milana Slavického. Absolvoval studijní pobyty na Royal Holloway University of London (1995), Humboldt Universität zu Berlin, Musikhoschule Hans Eisler (1998) a Universität der Künste zu Berlin (2002). V roce 2006 obhájil doktorskou práci zaměřenou na elektroakustickou hudbu a současné koncepty radioartu. V letech 2007 – 2008 získal Fulbrightovo stipendium pro práci v Centre For New Music And Technology (CNMAT) na University Of California, Berkeley.

V letech 2000 – 2013 pracoval jako hudební režisér a producent Českého rozhlasu pro oblast radioartu a rozhlasových her a byl členem mezinárodní producentské skupiny EBU Ars Acustica. Založil internetový portál rAdioCUSTICA zaměřený na mapování současné domácí scény akustických umění a do roku 2022 byl redaktorem pořadu Radioateliér Českého rozhlasu Vltava. Jeho rozhlasové práce i kolektivní spolupráce uspěly v domácích i zahraničních přehlídkách (Palma Ars Acustica 2015, Prix Marulić 2009, Prix Bohemia, Phonurgia Nova ad.). S Českým rozhlasem spolupracuje nadále externě.

Je autorem převážně elektroakustické a instrumentální hudby a od roku 2008 vystupuje sólově v autorských zvukových performance v Evropě i v USA. V poslední době jsou jeho koncerty zpravidla realizovány v různých podobách prostorového zvuku.

Vyučuje skladbu a elektroakustickou hudbu na Katedře skladby HAMU a zúčastnil se řady evropských festivalů (Ostravské dny nové hudby, Pražské jaro, MetaMorf Trondheim, LAB30 Augsburg, V:NM Graz, AudioArt Kraków, NextWave, Multiplace ad.). Je autorem hudby k desítkám rozhlasových her a jeho skladby byly vysílány v řadě zemí po celém světě. Jako skladatel je aktivní také v oblasti filmové a televizní produkce. Od roku 2000 zkomponoval hudbu k několika desítkám filmů, spolupracoval s Otakarem Koskem, Radimem Procházkou, Lucií Královou, Martinem Řezníčkem, Hanou Železnou, Kamilou Zlatuškovou, v oblasti hrané tvorby pak v poslední době především s Robertem Sedláčkem.